En octobre 1939, l'établissement est réquisitionné par les autorités françaises pour devenir un hôpital militaire. Après le départ des Français, 800 soldats allemands y sont logés. Le départ de l’armée allemande le 21 juillet 1940 permet au Foyer de retrouver sa vocation première : le 1er octobre 1940, 113 élèves font leur rentrée.
La vie s'organise alors sous le signe de la pénurie, les trois années suivantes se déroulent dans l'incertitude et l'inconfort. L'enseignement est assuré avec un personnel restreint, les examens sont passés normalement.
